Gérard de Réon, officier du duc de Bourgogne Hugues III, donne ses terres de la Champagne en 1170 pour fonder un village.
La paroisse Saint-Nicolas est construite durant le XIIIe siècle. Elle forme un ensemble homogène qui témoigne de l’absence de modifications significatives ou de destructions à travers les siècles. La charpente du porche est remarquable : des poutres engoulées similaires à celles de l’Hôtel-Dieu sont présentes. Son clocher en flèche est inscrit aux Monuments Historiques. Une croix, sur la place, fait face à l’église depuis le début du XIXe siècle. L’édifice est symbolique puisqu’il est le premier monument beaunois que les voyageurs venant de Dijon découvrent en entrant dans la ville.
Menacée de destruction durant la Révolution, l’église est sauvée par ses paroissiens qui la défendent contre les attaques, ce qui lui épargne de subir le même sort que Saint-Pierre, Sainte-Madeleine et Saint-Martin qui sont totalement rasées.
En 1813, un autel est construit par Louis Bidremant, marbrier à Beaune, il est installé dans le chœur. Des travaux d’entretien sont successivement réalisés afin de préserver la seule église de faubourg qui subsiste à Beaune. Les vitraux sont réparés en 1840, le mur d’enceinte de l’ancien cimetière est remplacé par des bornes avec des chaînes en 1850.
Une importante campagne de restauration est menée en 1909 et 1910. Des bruits courent sur la démolition prochaine de l’église, dont l’état est alarmant, mobilisant ainsi les habitants du faubourg qui participent aux frais de réparation grâce à leurs dons. Les travaux sont alors entrepris et attribués à Auclair pour la charpente et à Guichard pour la couverture.
En 1985, la foudre endommage le clocher qui est restauré en 1988.
Le premier orgue de l’église, fabriqué par les maîtres-facteurs alsaciens Krempf et Verschneider, est inauguré le 6 mai 1858. Le 31 mai 1899, l’orgue est remplacé : Camille Modret en construit un à ses frais, avec une tribune en pierre et des escaliers en bois pour y accéder. En 1948, l’instrument est déplacé dans l’angle gauche du transept nord et la tribune est détruite. Celui-ci est restauré en 1972. Un nouvel orgue provenant du Temple de l’Eglise Réformée de Dijon est installé et inauguré le 21 janvier 1996.
Crédit photo : Archives municipales de Beaune