Dès le XIIIème selon Gandelot, ou vers 1350 selon Rossignol dans son Histoire de Beaune, un petit hôpital est édifié au pied des remparts, tout près du quartier des tanneurs, pour les pauvres passants et les malades contagieux. Il doit remplacer l’ancien hospice St Pierre qui était enserré dans les remparts, vers la poterne. Une partie de ses dépendances est rasée vers 1358 pour étendre les fortifications. En 1443 la salle d’hôpital contient un petit autel et 12 lits. Une autre petite maison abrite le gouverneur et les servantes, on y sert la soupe aux enfants pauvres. Un très petit domaine ne produit que de maigres ressources à cet hôpital. Avec l’ouverture de l’Hôtel-dieu en 1443, son activité décline, sauf en période d’épidémie. En effet, situé à l’écart de la ville, il est requis comme la chapelle des Templiers pour accueillir les contagieux.
L’établissement est reconstruit entre 1540 et 1546 par Antoine de Salins, chanoine et recteur de l’hôpital du St Esprit. Sa voûte est en forme de vaisseau renversé, comme à l’Hôtel-Dieu, mais ses poutres ne sont pas engoulées. Les grandes contagions de 1553, 1586, 1596 et 1636 voient affluer les pestiférés à l’hôpital du Saint Esprit. En 1627, cependant, il est réuni à l’Hôtel-Dieu et perd bientôt sa fonction hospitalière. Les bâtiments servent alors de logement aux troupes de passage, la plupart des constructions annexes disparaissent.
Les fouilles menées lors de l’aménagement du parking des Tanneurs ont révélé la présence d’un cimetière et plusieurs squelettes ont pu être mis au jour, révélant des stratifications sur plusieurs siècles.
Crédit photo : Archives municipales de Beaune