Né à Beaune le 17 avril 1820, Jean Antoine Dupont est négociant en vins rue de Lorraine. Il épouse Sophie Peulliet. Républicain, il succède à Albert Guiod en août 1865. La principale action municipale durant son mandat est l’achat du moulin appartenant aux Hospices, situé sur la Bouzaize entre la rue Maufoux et la place Fleury.
Le conseil municipal de Jean Antoine Dupont est hostile au pouvoir en place, détenu par Napoléon III. Pour protester, le maire démissionne en mars 1869, suivi par ses adjoints, mais il est réélu le mois suivant et reprend ses fonctions. En novembre 1869, le conseil municipal revendique l’autonomie dans le choix de ses membres.
L’année suivante, la France entre en guerre avec la Prusse. Les Beaunois se préparent à combattre l’ennemi et sont appelés à dresser des obstacles pour faire reculer les Prussiens. Ils se mobilisent pour cette guerre qui fait des victimes parmi eux. L’ennemi occupe même la ville, à la charge de la population.
Lorsque la IIIe République se met en place, Jean Antoine Dupont indique au préfet qu’il n’est pas nécessaire de changer de municipalité puisque celle-ci est déjà républicaine. La loi du 14 avril 1871 permet de choisir le maire parmi les membres du conseil municipal. Après les élections du 30 avril 1871, le Comité démocratique arrive en tête et Dupont est désigné par ses conseillers.
Il meurt en charge le 31 juillet 1871, Paul Bouchard lui succède.